Bioinformatics
흉부 X-ray/CT 영상 분석을 통한 폐암 진단 알고리즘 - 폐종양과 폐결절
폐종양과 폐결절 종양(Tumor)은 세포분열이 빠르게 일어나면서 조직이 비정상적으로 축적이 되거나 죽어야할 세포가 죽지않고 계속 자라는 상태를 의미함. 폐종양은 폐조직 자체에서 일어나거나 폐로 가는 기도에서 일어남 폐종양은 악성(cancerous, malignant)이거나 양성(benign, non-cancerous) 양성폐종양에는 과오종(hamartomas), 선종(adenomas), 유두종(papillomas)이 있음. 거의 모든 경우에 양성폐종양은 치료를 필요로 하지 않으나 의사의 종양 변화 관찰 필요 악성종양과 비교한 양성종양의 특징 암이 아니기에 몸의 다른 부위로 확산 X 느리게 자라고, 때론 성장을 멈추고 위축되기도 함 생명을 위협하지 않음 일반적으로 제거 필요X 주변조직으로 확장될 순 있으나..
2021 서울아산병원 의료정보 분석 전문가 심화과정 1주차 후기
서울아산병원 의료정보분석 전문가 심화과정 합격 꼭 참가하고 싶었던 프로그램인데 운좋게 선발되었다. 많이 배워갈 수 있을 것 같다 :) joft.site 코시국으로 인해 온라인으로 교육을 진행할 수 있었으나 오프라인으로 교육을 강행한다는 메일을 받음. 저번 기수는 코엑스 근처에서 진행되었고 이번에는 강동역 근처에서 진행된다고 함. 1~7주차 까지는 이론/실습 교육이라 오프라인으로 진행하고 8주차~12주차는 팀 프로젝트 기간이라 팀 별로 온/오프 방식을 알아서 정해서 진행될 예정. 1주차는 2~7주차에 각 주차별로 배울 주제에 대해 개요와 기본적인 개념을 다루는 시간이었음. 각 1시간씩 총 6시간에 첫 1시간은 OT 및 교육생 소개 시간. 교육생 30명 중 학부생은 4명 뿐이었고 의사 분들이나 연구원 분들,..
정보의학개론 - 임상 의사 결정 지원 시스템(Clinical Decision Support System, CDSS)
임상의사결정지원시스템 (Clinical Decision Support System, CDSS) 기본적인 의학 지식 + 환자 정보 => 진료 및 치료 의사결정 => 치료 실행 고려사항 환자와 의사의 선호 (문화적 믿음, 개인적 가치) 근거(환자 데이터, 연구 결과 및 체계적 분석 결과) 제한적인 문제(국가 정책/법, 지역 사회 기준, 시간/예산 문제) 문제 요소 정보/지식이 없는 상황에서 의사결정을 내리는 경우 방대한 데이터로 인해 의사 결정을 방해나는 경우 정보는 있지만 접근이 불가능해 데이터를 활용하지 못하는 경우 의사결정에 영향을 미치는 요인과 편견이 존재하는 경우 영향을 미치는 요소 문맥, 가치, 감정, 중단, 스트레스, 피로 (의사의 생각의 틀 안에서 의사 결정이 되므로 합리적 의사 결정이 어려운..
병원 정보 시스템(Hospital Information System)
병원정보시스템 (Hospital Information System, HIS) 의료정보 (Medical Information) 환자 진료, 의학연구, 의학 교육, 의료 경영, 보건복지, 각종 의료 서비스 등 과 관련된 각종 정보 의료정보시스템 (Medical Information System) 의료정보에 관련된 모든 종류의 시스템 즉, 의료정보를 수집, 가공하여 효율적으로 관리하는 모든 종류의 정보 시 스템을 포괄적으로 의미 병원정보시스템 (Hospital Information System) 병원의 업무와 관련된 정보를 관리하는 의료정보시스템 진료, 진료 지원, 원무/행정, 경영/관리 정보를 적절하게 제공하고 활용할 수 있도록 하는 하위시스템들로 구성 병원정보시스템(HIS) 구축 목적과 기대 효과 진료측면..
정보의학개론 - 보건 의료 용어와 표준
보건의료용어체계 환자의 상태와 보건의료인의 활동을 서술하는 데 필요한 용어 체계 인터페이스 용어(어휘, Vocabulary) 집합 용어(분류 체계, Classification) 참조 용어 용어체계: 보건 의료 분야에서 사용되는 용어의 세트 분류체계: 정해진 규칙에 따라 개체를 배정하는 범주 체계 보건의료 용어체계의 종류 • ICD • SNOMED CT • LOINC • CPT • CDT • DSM • MeSH • UMLS • DRG • RxNorm • 간호용어체계 International Classification of Diseases: ICD WHO에서 관리하는 국제 질병 및 사인 분류체계 ICD-10 (1990): 100개 이상 국가에서 사용 ICD-11 (2018): 개선된 사용성, 보다 상세한 임..
정보의학개론 - 의학 자료의 특성
의학 자료의 특성과 종류 의학자료 Medical data/Clinical data Medical information/Clinical information Medical records Health data 기록(Record): 진료, 건강 관리의 연속성을 위해 자료나 정보를 저장 자료(Data): 객관적 사실 혹은 관찰. 의미나 가치가 부여되지 않은 것 정보(Information): 특별한 목적이나 맥락에 맞추어 정돈되어 의미와 가치, 의의를 지니는 것 지식(Knowledge): 자룟의 분석과 해석을 통해 도출된 것. 문제 해결에 이용되는 체계화된 정보 의학적 관찰의 요소 대상 환자 관찰 변수(Parameter) 관찰 값/단위 관찰 시간 관찰 방법(자료 수집 방법) 일반적인 의학 자료는 여러 개의 관찰로..
바이오 마커 후보 유전자 사후분석(Gene Ontolohy)
Gene Ontology(유전자 온톨로지, 유전자 단어 체계) Ontology 온톨로지는 일종의 용어를 정의하는 계약이라 할 수 있음. 즉, 각 사물에서 공통점을 찾아내고 이를 하나의 집합 또는 범주로 나타내기 위해 의미, 지식의 쓰임새 등을 분명하고 자세하게 설명하는 것을 말함. Gene Ontology의 목적 유전자 및 유전자 산물 속성에 대한 통제 어휘를 유지하고 발전시킨다. 유전자 및 유전자 산물에 주석을 달고, 주석 데이터를 통합하고 전파한다. 프로젝트에서 제공하는 데이터의 모든 측면을 쉽게 접근할 수 있는 도구를 제공한다. 예를 들어 충분한 분석을 통해 유전자 온톨로지를 사용하여 실험 데이터의 기능적 해석을 가능하게 한다. PIF4={ “red light signaling pathway”, “..
머신러닝을 이용한 DEG 분석
DEG by Machine Learning 데이터를 사용하여 기계학습 모델을 학습시키고 기계학습 모델에서 중요하게 사용된 특성(feature)에 대해 특성 중요도(feature importance)를 계산 => 특성 중요도(feature importance)를 기준으로 DEG 선정 Decision Tree Random Forest Generation Random Forest Prediction Feature Importance 실습 코드 import pandas as pd data=pd.read_csv("LUAD.txt",delimiter="\t",skiprows=lambda x: x == 1,index_col=0) lst_labels = [] for col in data.columns: # if col..