바이오 마커 후보 유전자 사후분석(Gene Ontolohy)

Gene Ontology(유전자 온톨로지, 유전자 단어 체계)

Ontology

• 온톨로지는 일종의 용어를 정의하는 계약이라 할 수 있음.
• 즉, 각 사물에서 공통점을 찾아내고 이를 하나의 집합 또는 범주로 나타내기 위해 의미, 지식의 쓰임새 등을 분명하고 자세하게 설명하는 것을 말함.

 

Gene Ontology의 목적

• 유전자 및 유전자 산물 속성에 대한 통제 어휘를 유지하고 발전시킨다. 
• 유전자 및 유전자 산물에 주석을 달고, 주석 데이터를 통합하고 전파한다. 
• 프로젝트에서 제공하는 데이터의 모든 측면을 쉽게 접근할 수 있는 도구를 제공한다. 예를 들어 충분한 분석을 통해 유전자 온톨로지를 사용하여 실험 데이터의 기능적 해석을 가능하게 한다.

 

 

PIF4={
“red light signaling pathway”,
“red or far-red light signaling pathway”,
“red, far-red light phototransduction”,
“de-etiolation”,
“regulation of auxin biosynthetic process”,
“regulation of auxin mediated signaling pathway”,
“regulation of transcription, DNA-templated”,
“response to low fluence blue light stimulus by blue low-fluence system”}

 

 

 

 

 

 

 

Gene Ontology의 구분

• 생물학에서의 온톨로지(GO=Gene Ontology는 세 가지 독립된 수준에서 구분하여 정의함
  • 분자 수준에서의 기능(Molecular Function) : 생화학적 수준에서 생산물에 따라 구분할 수 있다.
  • 생명 대사(Biological Process) : 생물학적인 대사 과정에서의 역할에 따라 구분할 수 있다.
  • 세포의 구성 요소(Cellular Component) : 세포 내 존재 위치에 따라 구분할 수 있다.

 

Gene Ontology의 Annotation

GO 표기는 GO ID, GO function, 그리고 유전자의 집합으로 이루어짐.

예시)

• GO:0000027+ribosomal large subunit assembly = {140801,23195,51154,51187,55052,55299,56342,6122,6123,6125,6128,6134,6135,6136,6147,6152,65003,80153}
• GO:0000028+ribosomal small subunit assembly = {26284,27341,3921,51065,51081,5822,6193,6204,6208,6209,6218,6223,6232,6234,64963,91695,93144}

 

Gene Ontology Enrichment Test

p-value가 낮을수록 주목해야 한다.

 

Fisher's exact test

Association test를 위해 주로 씀