tcga
바이오마커 유전자 분석
RNA-seq 데이터 생성 예시 유전자 발현량 데이터 예시 가로축: TCGA 환자 ID 세로축: 유전자 ID ?|8225 -> 과발현(Up-DEG) ?|90288 -> 저발현(Down-DEG) DEG(Differentially Expressed Gene): 정상인에 비해 양의 차이가 있는 Gene 문자화된이름|숫자화된이름 : 문자: 유전자의 기능을 발견한 사람이 그 기능을 바탕으로 이름을 붙인 Fullname의 축약어 숫자: 문자 이름만으로는 명확히 구분하기 어렵기 때문에 숫자로 numbering을 한 것 TCGA 환자 ID 명명 규칙 Sample: 암세포인지 정상세포인지 01: Primary Solid Tumor 02: Recurrent Solid Tumor 10: Blood Derived Normal..
TCGA 데이터
TCGA (The Cancer Genome Atlas) 암에 관한 유전변이 데이터를 통합 축적하고, 생물정보 분석하고자 하는 목적으로 2005년에 시작된 대규모 프로젝트 미국 NCI(National Cancer Institute)와 NHGRI(National Human Genome Research Institute)에서 운영 관리 유전자 지도를 완성하고 나서 가장 궁금했을 법한 암에 관한 정보를 알아내어 암을 정복하고자 하는 목표로 시작 Human Genome: 1명의 Genome 완성 GWAS(1000 Genome Project): 1000명의 Genome 분석 및 비교 조사 33 종류의 전사적 암에 대해 조사(전체 11,000명의 환자) 7종류의 유전체 데이터 타입에 대한 전사적 조사 (Multi-O..